Çok nadir olmasına rağmen bu cerrahide de komplikasyon gelişebilir. Komplikasyonlar geleneksel mikrodiskektomi ile aynıdır. Sinir yaralanması, bacakta-kolda yanma hissi ve uyuşukluk, kompleks bölgesel ağrı sendromu, dural yırtıklar, iç organ yaralanması, kanama ve omurgada instabilite potansiyel komplikasyonlardır ve ek tedavi gerektirebilirler.
Belde sinir köklerinin çıktığı delik olan ''foramen'' de anormal sinirler olabilir. (''furcal sinirler'') Bu sinirlerin yaralanması orijinal ağrının kaybolmasına rağmen ağrının artmasına neden olabilir ancak bu durum geçicidir. Bozulmuş ve yaşlanan bir omurgada yaşlanma ve bozulmanın devam eden bir süreç olduğu akılda tutulmalıdır. Bu yaşlanma süreci geri dönüşümsüzdür ve devam eder. O yüzden bu cerrahideki amaçlarımızdan biri bu bozulma sürecini daha az ağrısız hale getirmektir. O nedenle hastanın ağrısı ciddi bir bozulma varsa devam edebilir veya geçici düzelme sonrası operasyon öncesi derecesine geri dönebilir. Bu durumda daha komplike olan diğer cerrahi seçenekleri minimal invazif olarak uygulamak mümkündür. (Bkz. Minimal İnvazif Omurga Cerrahisi)
Hangi cerrahi yöntem uygulanırsa uygulansın cerrahi alanda mutlaka bir miktar skar dokusu oluşur. Endoskopik omurga cerrahisinde skar dokusu oluşumu diğer yöntemlere göre çok daha az olmasına rağmen mümkündür. Operasyon sonrasında oluşabilecek bacak ağrısından sorumlu olabilir. Endoskopik cerrahide kalıcı bacak ağrısı oluşma riski %1-2 den daha azdır.
En sık görülen ve komplikasyon olarak sayılamayacak şikayet cerrahi sonrası bacakta uyuşukluk veya yanma hissidir. Cerrahi sonrası hemen görülebileceği gibi günler veya haftalar sonrasında da görülebilir. Bazı teorilere göre uzun zamandır baskı altında ve uyuşuk olan bir sinirin üzerindeki baskının ani olarak ortadan kalkması ve kan akımının artması bu durumun ana nedenidir. Bacakta yanma hissine işlemin rutin bir parçası olan disk üzerindeki sinirlerin radyofrekans (RF) ile yakılması da neden olabilir. Ancak esas neden tam olarak bilinmemektedir. Bu durum hemen her zaman geçicidir. Sinir blokları veya ilaç tedavisi nadir de olsa gerektirebilir.
Ayrıca omurilikten çıkan sinirler arasında bağlantı oluşturan ve annulus üzerindeki yağ dokusu içinde olan anormal sinirler de olabilir. Bunlara '''furcal sinirler'' denir. Bu sinirler geleneksel cerrahi esnasında genelde görülemezler ancak endoskopik aletlerin geçtiği ''foramen'' içinde görülebilirler. Bu çok ince sinirler normal anatominin bir parçası olmadığı için her zaman korunamayabilirler bu nedenle de bacakta yanma hissi oluşabilir.
Endoskopik omurga cerrahisinden önce işlem hakkında hastayı doğru bilgilendirmek çok önemlidir. Çünkü hastalar endoskopik omurga cerrahına başvurmadan önce bu tekniği bilen veya bilmeyen birçok hekime başvururlar. Dolayısıyla hekimlerin deneyimlerine bağlı olarak birçok farklı görüş edinirler. Bu nedenle endoskopik cerrahinin ne için uygulanacağı, hastanın beklentilerinin ne olması gerektiği ve neden endoskopik cerrahiyi tercih ettiğimiz hastaya çok ayrıntılı olarak açıklanmalıdır.